Phong chân phước và phong thánh Giáo hoàng Gioan XXIII

Vì ông là một người Dòng Ba Phanxicô, nên tiến trình phong thánh cho ông được các tu sĩ Phanxicô xúc tiến. Chỉ trong vòng vài năm ngắn ngủi, ông được toàn thế giới ngưỡng mộ và được tất cả mọi người thương tiếc.

Báo La Croix số ra ngày 5 tháng 6 năm 1963 đã đánh giá về Giáo hoàng Gioan XXIII

Nhiệm kỳ Giáo chủ ngắn ngủi này đã được bù lại bằng sự cô đọng sâu sắc. Trong thời kỳ đó, Giáo hội được hình dung bằng một hình ảnh mới, ít là với người ngoài Giáo hội. Giáo hội không còn là một pháo đài kiên cố, sừng sững trên nền đá, hãnh diện về thành lũy bất khả xâm phạm, chằng chịt những lệnh cấm và hàng rào phòng thủ, chỉ thích che chở cho những ai yên thân sống ở trong... Ngày nay Giáo hội xuất hiện như một con tàu, mà quê hương chân thật là sự thân thương với gió khơi, sóng nước và sao trời, để nối liền tình huynh đệ giữa những bến gần bờ xa... Nhờ Đức Gioan XXIII, người đời biết được rằng, sự thật mà ở bên ngoài lòng yêu mến thì không phải từ Thiên Chúa.

— Báo La Croix

Ông được phong Chân Phước năm 2000Quảng trường Thánh Phêrô, Vatican. Kể từ thời Giáo hoàng Piô X, ông là vị Giáo hoàng đầu tiên được phong chân phước. Thi hài của ông, được giữ trong quan tài bằng đồng và kín dày, đã được đưa ra trưng bày cho tín hữu kính viếng, vào ngày Lễ Hiện Xuống, mùng 3 tháng 6 năm 2001, đúng với ngày kỷ niệm Giáo hoàng Gioan XXIII qua đời.

Như đã xảy ra đối với hai Piô XI và Piô XII, Chân phước Giáo hoàng Gioan XXIII, sẽ không được chôn trong hầm dưới Vương cung thánh đường Thánh Phêrô, nơi chôn cất của nhiều vị Giáo hoàng, nhưng sẽ được đặt bên dưới Bàn Thờ Thánh Giêrôme, nơi phía bên phải của gian chính giữa Vương cung thánh đường, gần nơi tượng Thánh Phêrô bằng đồng.

Ngày 16 tháng 1 năm 2001, ngôi mộ của Giáo hoàng Gioan XXIII đã được khai mở, trước sự hiện diện của Hồng y Angelo Sodano, quốc vụ khanh Tòa Thánh, của Tổng Giám mục Leonardo Sandri, phụ tá quốc vụ khanh, và của Hồng y Virgilio Neo, kinh sĩ trưởng của Vương cung thánh đường Thánh Phêrô, để nhận thực thân xác của Giáo hoàng Gioan XXIII. Và trong dịp nầy, các chứng nhân đã xác nhận là gương mặt của Giáo hoàng Gioan XXIII còn nguyên vẹn, không bị hư đi.

Lễ tuyên thánh cho hai Chân phước Giáo hoàng Gioan XXIII và Gioan Phaolô II đã được cử hành bởi đương kim Giáo hoàng Phanxicô (cùng với Nguyên Giáo hoàng Bênêđictô XVI) vào Chủ nhật, ngày 27 tháng 4 năm 2014 tại Quảng trường thánh Phêrô, Vatican.